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Nature Communications volume 14, Numéro d'article : 1299 (2023) Citer cet article

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Les vaccins à base d'ARNm réduisent considérablement l'occurrence et la gravité du COVID-19, mais sont associés à de rares effets indésirables liés au vaccin. Ces toxicités, associées aux observations selon lesquelles l'infection par le SRAS-CoV-2 est associée au développement d'auto-anticorps, soulèvent la question de savoir si les vaccins COVID-19 peuvent également favoriser le développement d'auto-anticorps, en particulier chez les patients auto-immuns. Ici, nous avons utilisé le profilage rapide de l'antigène extracellulaire pour caractériser les réponses humorales auto-dirigées et virales après la vaccination par l'ARNm du SRAS-CoV-2 chez 145 personnes en bonne santé, 38 patients atteints de maladies auto-immunes et 8 patients atteints de myocardite associée au vaccin à ARNm. Nous confirmons que la plupart des individus ont généré des réponses anticorps spécifiques au virus robustes après la vaccination, mais que la qualité de cette réponse est altérée chez les patients auto-immuns sous certains modes d'immunosuppression. La dynamique des auto-anticorps est remarquablement stable chez tous les patients vaccinés par rapport aux patients COVID-19 qui présentent une prévalence accrue de nouvelles réactivités d'auto-anticorps. Les patients atteints de myocardite associée au vaccin n'ont pas de réactivités d'auto-anticorps accrues par rapport aux témoins. En résumé, nos résultats indiquent que les vaccins à ARNm découplent l'immunité contre le SRAS-CoV-2 des réponses d'auto-anticorps observées pendant la COVID-19 aiguë.

Les vaccins à base d'ARNm contre le SRAS-CoV-2 ont démontré une efficacité remarquable dans la prévention de l'infection symptomatique et de la gravité de la maladie COVID-191,2, même dans le contexte de variantes et sous-variantes hautement transmissibles3. Les réponses immunitaires vives provoquées par ces vaccins sont souvent accompagnées de réponses inflammatoires systémiques qui incluent des élévations des concentrations plasmatiques circulantes de cytokines telles que IL-15, IFNγ et CXCL104. Bien que leur innocuité globale se compare favorablement à d'autres vaccins approuvés par la FDA, des événements indésirables allant de symptômes pseudo-grippaux courants à de rares cas de myocardite ont été observés5. De plus, ces vaccins ont été associés à des poussées de maladie chez des patients atteints de maladies auto-immunes préexistantes6.

Auparavant, nous et d'autres avons découvert que l'infection aiguë par le SRAS-CoV-2 était associée à une élévation des réactivités des auto-anticorps, qui étaient également corrélées à la gravité de la maladie7,8. Alors que certaines de ces réactivités étaient probablement préexistantes, d'autres étaient nouvelles ou affichaient une trajectoire croissante qui coïncidait avec le début de l'infection. L'étiologie de ces anticorps n'a pas encore été entièrement déterminée, et les mécanismes potentiels intrinsèques à la protéine de pointe du SRAS-CoV2, tels que le « mimétisme moléculaire », augmentent la possibilité que les vaccins ciblant le même antigène puissent également entraîner une auto-immunité humorale. De plus, la question de savoir si les réponses des auto-anticorps après la vaccination diffèrent chez les individus précédemment infectés par le COVID-19 par rapport aux individus naïfs n'a pas encore été étudiée.

Dans ce travail, nous utilisons REAP, une plate-forme de dépistage d'auto-anticorps à l'échelle de l'exoprotéome, pour montrer que les auto-anticorps sont stables pendant la vaccination par rapport au COVID-19 aigu, qui se caractérise par une prévalence élevée de réactivités d'auto-anticorps nouvelles et accrues.

Nous avons surveillé en série les réponses des auto-anticorps et des anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2 de trois cohortes distinctes avant et après la vaccination (Fig. 1A). La première cohorte9 était composée de 33 travailleurs de la santé (HCW) de l'hôpital Yale New Haven (YNHH), avec environ la moitié des individus séropositifs pour le SRAS-CoV-2 (tableau supplémentaire 1). La deuxième cohorte était composée de 38 personnes atteintes de maladies auto-immunes préexistantes et de 25 témoins sains appariés recrutés par le Benaroya Research Institute (BRI) (tableau supplémentaire 2). La cohorte de maladies auto-immunes était diversifiée, comprenant 13 patients atteints de sclérose en plaques (SEP), 13 patients atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR), 3 patients chacun atteints de lupus érythémateux disséminé (LED), de diabète de type 1 (DT1) et de la maladie de Crohn (MC) . La troisième cohorte était composée de 87 volontaires de la République dominicaine qui avaient déjà reçu un traitement à deux doses du vaccin à virion entier inactivé CoronaVac au moins 4 semaines auparavant (tableau supplémentaire 3). Dans cette cohorte, le vaccin à ARNm a été administré en tant que "rappel". Pour évaluer la dynamique longitudinale des auto-anticorps en l'absence de vaccination, nous avons également inclus un groupe de 26 individus suivis dans le temps. Cette cohorte de contrôle longitudinale était composée de 14 patients en bonne santé et de 12 patients atteints de diabète de type 1 (tableau supplémentaire 4).

A Yale HCW : 2 doses de vaccin à ARNm ; plasma prélevé : avant la dose 1—juste avant la vaccination ; j7—7 jours après la dose 1 ; avant la dose 2—juste avant la dose 2, environ 21 à 28 jours après la dose 1 ; j7 pd2—jour 7 après la dose 2 ; j28 pd2—jour 28 après la dose 2. BRI : 2 doses de vaccin à ARNm ; plasma prélevé à la pré-dose 1 - avant la vaccination ; j14 pd2—jour 14 après la dose 2 ; j90 pd2—jour 90 après la dose 2. CoronaVac Booster : 1 dose de vaccin à ARNm > 4 semaines après 2 doses de CoronaVac. Plasma prélevé au pré-rappel—avant la vaccination ; j28—jour 28 après le rappel. Cohorte témoin longitudinale : participants non vaccinés ; plasma prélevé à j0-jour 0 ; j7—jour 7 ; j30—jour 30 ; j60—jour 60 ; j90—jour 90 ; j120—jour 120) Score REAP B–D CoV-2-RBD pour chaque patient pré-vaccin à post-vaccin dans les cohortes Yale HCW, CoronaVac Booster et BRI, respectivement. Chaque paire de points représente un seul individu. E, F CoV-2-RBD REAP score (E) et capacité de neutralisation du SARS-CoV-2 (F) au dernier moment. La signification a été évaluée par ANOVA unidirectionnelle (p = 2,45E - 7 (E), p = 2,81E - 6 (F), avec des tests post hoc effectués à l'aide du test de Dunnett pour comparer la moyenne de chaque colonne avec un témoin sain (CD20 vs Contrôle : p = 5,1E − 8 (E), CTLA4 vs Contrôle : p = 0,0145 (E), CD20 vs Contrôle : p = 1,35E − 7 (F), TNF/DM vs Contrôle : p = 0,034 (F). La boîte à moustaches représente le 25e au 75e centile des données, la ligne médiane représente la médiane et les moustaches supérieures/inférieures représentent la valeur max/min dans un intervalle interquartile de 1,5 × 75e/25e, respectivement. N = 25 individus sains, 38 individus auto-immuns. G Capacité de neutralisation par rapport à la réactivité de l'ELISA S1 RBD. La régression représente la relation entre le log(PRNT50) et l'ELISA S1 RBD pour les participants en bonne santé, IC à 95 % ombré, ligne de régression centrée. Chaque point représente un seul individu. N = 25 en bonne santé individus, 38 individus auto-immuns Réactivité ELISA totale HS (ng/ml) vs. Réactivité ELISA RBD S1 (ng/ml), stratifiée par statut de maladie auto-immune et catégorie de médicament. ****p < 0,0001, ***p < 0,001 **p < 0,01 et *p < 0,05.

Pour mesurer les réponses des anticorps contre les antigènes extracellulaires et le domaine de liaison au récepteur SARS-CoV-2 S1 (SARS-CoV-2-RBD), nous avons utilisé le profilage rapide des anticorps extracellulaires (REAP), une plate-forme de bibliothèque d'affichage de levure qui permet une évaluation simultanée de réactivité des anticorps contre 6183 protéines extracellulaires humaines, épitopes peptidiques et protéines RBD de pointe de coronavirus courantes, y compris SARS-CoV-2 RBD7,10. Les réactivités d'anticorps détectées par REAP sont quantifiées par un score REAP (voir Méthodes), qui est fortement corrélé aux titres d'anticorps.

Comme prévu, tous les individus de la cohorte HCW étaient réactifs au SARS-CoV-2-RBD par REAP après la vaccination (Fig. 1B), tous les individus séronégatifs générant une nouvelle réponse. Les scores SARS-CoV-2-RBD REAP pour les personnes séropositives sont restés stables ou ont augmenté après la vaccination. Au sein de la cohorte de rappel CoronaVac, les réponses étaient plus variables, mais ont largement augmenté ou sont restées stables (Fig. 1C). Au sein de la cohorte BRI, tous les individus en bonne santé et la plupart des patients auto-immuns ont répondu à la vaccination, montrant une réactivité au SARS-CoV-2-RBD au dernier moment (Fig. 1D). Les patients sous traitement contre la déplétion des cellules B anti-CD20, dont la majorité sont diagnostiqués avec une sclérose en plaques (SEP), avaient des réponses en anticorps SARS-CoV-2-RBD significativement plus faibles après la vaccination (p < 0,0001) (Fig. 1E, S1A). Au sein de ce groupe de traitement, les patients atteints de SEP prenant de l'ocrelizumab étaient moins susceptibles de générer une réponse humorale que les patients atteints d'autres maladies auto-immunes prenant du rituximab (Fig. S1B). Alors que la plupart des patients atteints de SEP n'ont pas généré de réponse d'anticorps SARS-CoV-2-RBD, deux patients - un ne recevant aucun traitement et un prenant du fumarate de diméthyle (DMF) - ont généré des réponses d'anticorps SARS-CoV-2-RBD normales par REAP (Fig. .S1C).

Pour caractériser davantage la réponse immunitaire du SRAS-CoV-2 chez les individus auto-immuns et sains de la cohorte BRI, nous avons effectué un test ELISA pour le S1 RBD et la protéine de pointe complète (S total) ainsi que des tests de neutralisation contre la souche SARS-CoV-2 USA -WA1/2020. Nous avons trouvé une forte corrélation (R = 0,9, p < 2,2e−16) entre le score SARS-CoV-2-RBD REAP et le titre ELISA S1 RBD (Fig. S1D), soutenant les conclusions ci-dessus générées à partir de REAP. Fait intéressant, alors que la plupart des patients auto-immuns ont produit une réponse normale à la vaccination telle que mesurée par le titre anti-S1 RBD ou le score REAP, ces patients ont également présenté une capacité de neutralisation réduite (PRNT50) (Fig. 1F). Cette tendance était particulièrement prononcée pour les patients en déplétion en lymphocytes B anti-CD20 (p < 0,0001). La figure 1G montre le titre ELISA S1 RBD et PRNT50 pour tous les patients, avec une régression linéaire pour la relation entre ces deux paramètres chez les individus en bonne santé uniquement. Un sous-ensemble de patients tombant en bas à droite de la ligne de régression, par exemple, plusieurs patients prenant un traitement anti-TNFα et/ou un traitement antirhumatismal modificateur de la maladie (DMARD), présentaient des titres anti-S1 RBD élevés avec une faible capacité de neutralisation, l'indication d'un titre anti-RBD peut ne pas refléter entièrement la qualité de la protection immunitaire humorale chez les patients sous traitement immunosuppresseur. Enfin, certains patients qui n'ont pas généré de réponse spécifique à S1 RBD affichaient toujours une réactivité au S total par ELISA, soutenant davantage une réponse humorale contrainte pouvant conduire au ciblage d'épitopes non RBD (Fig. 1H).

Ensuite, nous avons utilisé REAP pour étudier les changements d'autoréactivité aux antigènes extracellulaires pendant la vaccination. Alors que les patients atteints d'une maladie auto-immune présentaient un éventail plus large du nombre de réactivités d'auto-anticorps préexistantes avant la vaccination, le nombre moyen de réactivités ne différait pas significativement entre les témoins ou les individus atteints d'une maladie auto-immune, ni entre les différents diagnostics auto-immuns (Fig. S2A, S2B). De même, dans la cohorte Yale HCW et la cohorte de rappel CoronaVac, il n'y avait pas de différence dans le nombre de réactivités préexistantes entre ceux qui avaient déjà été infectés par le SRAS-CoV2 et ceux qui étaient naïfs (Fig. S2C, S2D). Dans l'ensemble, nous avons constaté que la grande majorité des réactivités d'auto-anticorps étaient remarquablement stables dans le temps dans les cohortes de vaccination et de contrôle longitudinal. Par exemple, la figure 2A montre la trajectoire des auto-anticorps et des anticorps SARS-CoV-2-RBD d'un patient atteint de PR (sous traitement anti-TNFα). Pour cet individu, les auto-anticorps détectés par REAP étaient stables dans le score lors de la vaccination, à l'exception des anti-GPC6 qui ont diminué avec le temps. Pour afficher tous les individus de chaque cohorte superposés, nous avons normalisé tous les scores d'antigène REAP à un score de départ de 0 en soustrayant leur score au premier moment de leur score aux moments suivants. La figure 2B montre les trajectoires de score REAP normalisées pour les auto-anticorps chez chaque individu de la cohorte BRI. Dans l'ensemble, les modifications du score REAP des auto-anticorps pendant la vaccination étaient centrées autour de zéro (IC à 99,9 % : auto-immun : -0,10 à 0,29 ; contrôle : -0,043 à 0,56) et ne différaient pas entre les patients atteints d'une maladie auto-immune et les témoins sains.

A Anticorps d'un patient atteint de PR lors d'une vaccination par ARNm (CoV-2-RBD—rouge, autoanticorps—gris, a-TNF Ac thérapeutique—bleu). B Line plot : autoanticorps (bleu) et CoV-2 RBD (rouge) trajectoires de score REAP de la cohorte BRI pendant la vaccination (antigènes Exo201 uniquement). Chaque ligne représente une réactivité normalisée à un score de base de 0. Diagramme de densité : deltas du score REAP pour les réactivités dans la cohorte BRI. Les anticorps médicamenteux probables (a-TNF, a-IL6R) ont été exclus. C Changement moyen du score REAP pour les réactivités d'auto-anticorps par individu du premier au dernier point dans le temps dans les cohortes BRI et de contrôle longitudinal (tous les antigènes). p = 0,075, par ANOVA unidirectionnelle. Les barres d'erreur indiquent un IC à 99 %. Les anticorps médicamenteux probables (a-TNF, a-IL6R) ont été exclus. Chaque point représente un individu. Les individus sans réactivité ont été exclus. N = vaccin/auto-immun : 37 ; vacciné/sain : 24 ; témoin/auto-immun : 8 ; contrôle/sain :11. Tracé de la ligne D : autoanticorps (bleu) et trajectoires de score REAP CoV-2 RBD (rouge) des patients atteints de COVID-19 aigu (antigènes Exo201 uniquement). Chaque ligne représente une réactivité normalisée à un score de départ de 0. DFSO = jours depuis l'apparition des symptômes. Diagramme de densité : deltas des scores REAP pour les réactivités dans la cohorte COVID-19. Les anticorps médicamenteux probables (a-TNF, a-IL6R) ont été exclus. E Proportion de patients avec n réactivités accrues (antigènes Exo201 uniquement). p = 1,3E − 7, par Kruskal–Wallis, test post hoc de Dunn (correction par la méthode de Holm) : sévère vs vaccin, p = 6,1E − 7 ; sévère vs témoin, p = 1,1E − 3 ; modéré vs vaccin, p = 6,1E − 7 ; modéré vs contrôle, p = 4,0E - 3. Réactivité accrue = augmentation du score REAP de> 3 à tout moment. Les anticorps médicamenteux probables (a-TNF, a-IL6R) ont été exclus. N : COVID19 sévère : 23 ; COVID19 modéré : 36 ; Vaccin : 183 ; Témoin : 26. F Réactivités chez les patients atteints de myocardite associée au vaccin ou chez les témoins. Antigènes regroupés par les données d'expression de l'Atlas des protéines humaines. G Réactivités des auto-anticorps par individu dans la cohorte de myocardite associée au vaccin à ARNm par rapport au témoin. p = 0,45, test t bilatéral non apparié. La boîte à moustaches représente le 25e au 75e centile des données, la ligne médiane représente la médiane et les moustaches supérieures/inférieures représentent la valeur max/min dans la plage interquartile 1,5 × 75e/25e, respectivement. N = Témoin : 8 ; Myocardite : 8. ELISA de l'auto-anticorps anti-H IL-1RA du sérum d'un patient atteint de myocardite. ****p < 0,0001, ***p < 0,001 **p < 0,01 et *p < 0,05.

La dynamique des auto-anticorps des individus en l'absence de vaccination était également largement stable dans le temps, avec un degré de variation similaire par rapport à la cohorte vaccinée (IC à 99,9 % : Autoimmun : -0,62 à 0,28 ; Sain : -0,37 à 0,38) (Fig. S3A). Le changement moyen d'auto-anticorps par individu (Fig. 2C) n'était pas non plus différent entre les patients vaccinés en bonne santé ou auto-immuns, et il n'y avait pas non plus de différence entre les patients vaccinés et non vaccinés des deux groupes (p = 0,075). La similitude entre les patients auto-immuns et sains est restée même après avoir comparé séparément les patients auto-immuns sous et hors immunosuppression, ce qui suggère que l'absence de nouveaux auto-anticorps dans ce groupe n'est pas due à l'immunosuppression (Fig. S3B). De plus, quatre patients atteints de PR avaient également reçu des glucocorticoïdes pendant ou autour de leur cycle de vaccination. Nous n'avons noté aucune différence dans le changement moyen d'auto-anticorps par individu entre les patients atteints de PR avec et sans glucocorticoïdes (Fig. S3C). Des tendances similaires ont été observées dans la cohorte de rappel CoronaVac (IC à 99,9 % : -0,71 à 0,16) (Fig. S3D) et la cohorte Yale HCW (Fig. S3E) ; cependant, les variations globales d'auto-anticorps étaient légèrement négatives pour les deux groupes de travailleurs de la santé (IC à 99,9 % : séronégatif : -0,50 à -0,22 ; séropositif : -0,36 à -0,02). Le changement moyen d'auto-anticorps par individu ne différait pas entre les travailleurs de la santé séronégatifs ou séropositifs ou les témoins non vaccinés (p = 0, 69) (Fig. S3F).

Nous avons ensuite demandé si les trajectoires d'auto-anticorps observées lors de la vaccination contre le SRAS-CoV-2 différaient de celles observées lors de la COVID-19 aiguë. Pour répondre à cette question, nous avons analysé les données REAP d'une cohorte de 36 patients COVID-19 modérés et 23 patients sévères hospitalisés au YNHH entre mars et mai 202011 (tableau supplémentaire 5). Visuellement, les trajectoires des auto-anticorps pendant la vaccination diffèrent de manière frappante de celles observées chez les patients atteints de COVID-19 aigu modéré ou sévère, qui présentent de nombreuses réactivités accrues et nouvelles des auto-anticorps au cours de l'infection (Fig. 2D). Près de la moitié des patients COVID-19 sévères et un tiers des patients modérés atteints de COVID-19 avaient au moins une réactivité accrue ou nouvelle des auto-anticorps, une partie substantielle en ayant plusieurs. (Fig. 2E, S4A, respectivement). A l'inverse, ce phénomène était extrêmement rare lors de la vaccination ; sur 1034 réactivités totales d'auto-anticorps détectées parmi les cohortes de vaccins, seules 15 (1,45%) sont apparues dans les mois suivant la vaccination (Fig. S4B). Pour les patients COVID-19, nous avons détecté 24 nouvelles réactivités d'auto-anticorps sur 463 auto-anticorps totaux (5,18%) (Fig. S4C). Cette mesure est probablement une sous-estimation de l'augmentation des auto-anticorps avec COVID-19, en raison de la plus petite bibliothèque d'antigènes testés dans la cohorte COVID-19 aiguë (2777 antigènes - bibliothèque Exo201) par rapport à la plus grande bibliothèque mise à jour utilisée pour la cohorte vaccinale (6183 antigènes) et la fenêtre de temps plus courte dans laquelle ces individus ont été suivis. De même, l'absence d'une ligne de base pré-infection pour ces patients empêche la détection de nouvelles réactivités d'auto-anticorps apparues après l'infection, mais avant que le premier échantillon ne soit prélevé pour chaque patient. Dans l'ensemble, alors que les réactivités des auto-anticorps étaient stables dans la cohorte vaccinée, nous avons capturé une augmentation du score REAP pour le TNFα chez un patient atteint de polyarthrite rhumatoïde qui a commencé un traitement par adalimumab (un anticorps monoclonal anti-TNFα) dans l'intervalle entre le pré et le post- échantillons de vaccination (Fig. S4D). Cette découverte démontre la sensibilité de REAP pour détecter de nouveaux auto-anticorps au fil du temps.

Pour tenir compte des différences temporelles entre la cohorte COVID-19 aiguë, qui était en moyenne de 10,3 (premier moment) à 18,1 (dernier moment) jours à partir de l'apparition des symptômes, et les cohortes de vaccination, qui durent obligatoirement au moins 28 jours, mais prolongées jusqu'à à 4 mois après la dose 2 dans certains cas, nous avons également effectué une analyse séparée sur des points temporels 28 jours ou moins à partir de la dose 1 ou de l'apparition des symptômes. Dans cette analyse temporellement appariée, les conclusions ci-dessus sont inchangées, les patients atteints de COVID-19 aigu ayant à nouveau des réactivités d'auto-anticorps significativement plus élevées (Fig. S5A) et nouvelles (Fig. S5B) et un delta global d'auto-anticorps significativement augmenté (Fig. S5C) .

Pour mieux comprendre les facteurs associés à l'ampleur de l'augmentation des réactivités des auto-anticorps chez les patients COVID-19 par rapport aux patients vaccinés, nous avons effectué une régression linéaire multiple pour modéliser ce phénomène. Dans le modèle de la cohorte COVID-19 (R2 ajusté : 0,1785, valeur p : 0,015), l'augmentation de l'âge, du sexe féminin et du score de gravité clinique de 6 était significativement associée à une ampleur élevée de l'augmentation des réactivités d'auto-anticorps (p = 0,0482, p = 0,0185, p = 0,0143, respectivement) (Fig. S6A–D). De plus, par rapport à un modèle de base tenant compte des différences individuelles d'âge et de sexe uniquement, l'ajout du score clinique a amélioré de manière significative la qualité de l'ajustement du modèle global (p = 0,01328). Inversement, dans le modèle de cohorte vaccinale de Benaroya (R2 ajusté : 0,0049, valeur p : 0,39), ni le sexe, ni l'âge, ni la durée de la surveillance, ni le type de vaccin, ni l'état de la maladie (sain ou auto-immun) n'étaient significativement associés à l'ampleur de l'augmentation réactivités des auto-anticorps (Fig. S6E). Pris ensemble, la comparaison des trajectoires d'auto-anticorps entre la vaccination COVID-19 et SARS-CoV-2 montre que les patients COVID-19 affichent un schéma caractéristique d'auto-anticorps nouveaux et accrus qui est en corrélation avec le score de gravité clinique le plus élevé, l'âge et le sexe féminin. À l'inverse, les changements dans les auto-anticorps pendant la vaccination étaient similaires à ceux des témoins non vaccinés sans aucun schéma discernable de réactivités nouvelles ou accrues, même chez les individus à tendance auto-immune.

Enfin, nous avons cherché à profiler les auto-anticorps extracellulaires chez les patients atteints de myocardite associée au vaccin à ARNm, un événement indésirable rare mais potentiellement grave signalé en association avec la vaccination par l'ARNm du SRAS-CoV-25. Pour étudier cela, nous avons effectué REAP sur des échantillons de plasma de 8 patients se présentant au YNHH entre mai et octobre 2021 avec une myocardite vérifiée par IRM commençant 1 à 3 jours (moyenne : 2,75) après la deuxième dose de vaccin à ARNm (tableau supplémentaire 6). La cohorte myocardite a reçu exclusivement le vaccin Pfizer, car il s'agissait du seul vaccin à ARNm approuvé au moment de notre étude. La figure 2F montre une carte thermique des scores de réactivité des auto-anticorps REAP pour les patients atteints de myocardite et les témoins appariés selon l'âge et le sexe. Les patients atteints de myocardite ne présentaient pas un nombre élevé d'auto-anticorps par rapport aux témoins (Fig. 2G), ni d'auto-anticorps dirigés contre des antigènes cardiaques ou endothéliaux enrichis ou des antigènes précédemment impliqués dans des troubles inflammatoires cardiaques, tels que les anticorps anti-B adrénorécepteurs12. Une étude a récemment rapporté une fréquence élevée d'auto-anticorps anti-IL1RA fonctionnels chez les patients atteints de myocardite associée au vaccin13. Fait intéressant, nous n'avons pas détecté d'auto-anticorps IL-1RA dans notre cohorte par REAP ou IL-1RA ELISA (Fig. 2H, S7A). Cet écart peut être dû à des différences dans les données démographiques des cohortes ou à une fréquence élevée d'anticorps anti-médicament contre les agents biologiques IL-1RA dans l'autre rapport, qui n'indiquait pas si les patients avaient reçu ce traitement.

Nos résultats correspondent à plusieurs rapports récents mettant en évidence l'activation immunitaire innée et l'augmentation de la fréquence des lymphocytes T CD8 cytotoxiques activés et des cellules NK dans la myocardite associée au vaccin, par opposition à l'activation des lymphocytes B ou à l'infiltration des plasmocytes14,15,16. Cependant, en raison des limites de la technologie d'affichage de la levure, la bibliothèque REAP n'inclut pas les protéines intracellulaires. Par conséquent, nos découvertes n'éliminent pas la possibilité qu'il puisse y avoir des auto-anticorps ciblés intracellulairement, par exemple, l'anti-myosine, qui a également été signalée précédemment dans d'autres types de myocardite. Dans l'ensemble, cependant, nos résultats montrent que les changements dans les auto-anticorps spécifiques des antigènes extracellulaires sont peu susceptibles de sous-tendre la myocardite associée au vaccin à ARNm.

Bien que nous ayons détecté un petit nombre de réactivités d'auto-anticorps nouvelles ou accrues après la vaccination, la présence de ce phénomène dans le groupe témoin non vacciné suggère que cela peut être dû à une variation physiologique des concentrations d'auto-anticorps plutôt qu'à un effet de la vaccination. De plus, plusieurs facteurs s'opposent à des réponses d'auto-anticorps causalement liées ou stéréotypées chez les patients vaccinés. Ceux-ci incluent l'absence de toute différence entre les changements d'auto-anticorps chez les patients auto-immuns et les patients en bonne santé ; le fait que les changements nets d'auto-anticorps étaient centrés autour de zéro (c'est-à-dire qu'environ le même nombre de réponses d'auto-anticorps a augmenté après la vaccination que celles qui ont diminué) ; et l'absence d'auto-anticorps partagés chez les patients avec ou sans myocardite à ARNm associée au vaccin.

De plus, l'absence de changements d'auto-anticorps observés après la vaccination contrastait nettement avec le COVID-19 aigu, qui est associé à des réactivités accrues et nouvelles d'auto-anticorps survenant au cours de la maladie. Cette découverte correspond à une image émergente de dysfonctionnement immunitaire humoral pathologique dans COVID-19, conduisant à des réponses exubérantes des cellules B rappelant le lupus érythémateux disséminé (LES)17 et à la production d'auto-anticorps qui provoquent des syndromes thrombotiques18, atténuent les programmes IFN de type 119,20 et neutraliser la signalisation des cytokines et des chimiokines7. Bien que les mécanismes à l'origine de la génération de ces auto-anticorps ne soient pas clairs, il est plausible que l'inflammation pathologique joue un rôle, conduisant par exemple à des lésions tissulaires et à l'exposition d'antigènes séquestrés, à l'activation secondaire de clones de lymphocytes B autoréactifs par un milieu de cytokines hyperinflammatoires et/ou prolifération exagérée de clones de cellules B polyspécifiques. La différence dans la dynamique des auto-anticorps entre le COVID-19 aigu et la vaccination et la corrélation du score de gravité clinique le plus élevé du COVID-19 avec l'ampleur des réactivités accrues soutiennent davantage l'idée que l'induction des auto-anticorps est liée à l'immunopathologie du COVID-19, plutôt qu'aux attributs de l'antigène de pointe SARS-CoV-2 conduisant à des phénomènes tels que le « mimétisme moléculaire ».

Citant l'augmentation des infections percées, le CDC continue de recommander une troisième et une quatrième21 dose de vaccin à ARNm pour les personnes immunodéprimées, y compris les patients atteints de maladies auto-immunes sous thérapies immunosuppressives. Ce sujet fait actuellement l'objet de plusieurs essais cliniques en cours. Bien que notre étude soit limitée en taille d'échantillon pour certains groupes de diagnostics et de médicaments, elle met en évidence une limitation de l'utilisation des titres anti-SARS-CoV-2 comme corrélat de l'immunité protectrice chez les patients auto-immuns/immunosupprimés. Notamment, nous avons constaté que bien que la plupart des patients auto-immuns génèrent des anticorps spécifiques au RBD après la vaccination, leurs anticorps étaient souvent non neutralisants, contrairement aux individus en bonne santé, où la corrélation entre les titres d'anticorps et la capacité de neutralisation était forte. Cela suggère que la réponse anticorps anti-SARS-CoV-2 générée chez ces individus peut être limitée et moins efficace, par exemple, en raison du ciblage d'épitopes non critiques ou du manque d'anticorps protecteurs anti-N-terminal-domain (NTD)22 . Cela était particulièrement évident pour les personnes sous thérapies de déplétion des lymphocytes B, qui étaient les moins susceptibles de générer une réponse d'anticorps neutralisants, conformément à un autre rapport récent23. Fait intéressant, certains de ces patients ont néanmoins généré des anticorps non neutralisants contre la protéine S complète, ce qui reflète probablement une réponse humorale inefficace contrainte par la déplétion des lymphocytes B. Il est important de noter, cependant, que notre étude n'a pas mesuré les réponses des lymphocytes T à la vaccination contre le SRAS-CoV-2, qui se sont révélées être un contributeur important à l'immunité spécifique au SRAS-CoV-224,25. Ceci est particulièrement pertinent pour les personnes sous immunosuppression, où la protection immunitaire humorale et cellulaire après la vaccination ne devrait pas être corrélée, comme cela a été observé chez les patients atteints de SEP sous ocrelizumab23. Par conséquent, nous ne pouvons pas déduire définitivement le degré complet de protection immunitaire des individus de notre étude.

En conclusion, nous avons constaté que la vaccination par ARNm n'était pas associée au développement de nouvelles réponses d'auto-anticorps au protéome extracellulaire, contrairement à l'infection par le SRAS-CoV-2. De plus, malgré les différences dans la qualité de la réponse au SRAS-CoV-2 provoquée chez les patients auto-immuns et en bonne santé après la vaccination par l'ARNm, il n'y avait aucune différence dans la dynamique des auto-anticorps contre les auto-antigènes extracellulaires, même chez les patients atteints d'une maladie auto-immune préexistante ou vaccin- myocardite associée. Ce travail renforce ainsi le profil d'innocuité émergent des vaccins à ARNm et met en évidence leur capacité à découpler l'immunité contre le SRAS-CoV-2 des séquelles auto-immunes potentielles à long terme du COVID-19.

Pour la cohorte BRI, les sujets avec et sans auto-immunité ont été inscrits sous le numéro de protocole IRB08108, approuvé par le BRI Institutional Review Board. Tous les sujets ont fourni un consentement éclairé écrit pour participer à cette étude selon le protocole d'étude. Pour la cohorte Yale HCW, les sujets ont été inscrits sous le numéro de protocole 2000028924, approuvé par le Yale Human Research Protection Program Institutional Review Board. Le consentement éclairé a été obtenu de tous les participants inscrits. L'étude CoronaVac Booster a été approuvée par le Comité national de bioéthique de la République dominicaine (CONABIOS). Les participants ont reçu deux doses du vaccin à virion entier inactivé CoronaVac suivi d'une dose de rappel BNT162b2 au moins quatre semaines après la deuxième dose de CoronaVac. Tous les participants DR ont consenti à s'inscrire à cette étude observationnelle. Pour la cohorte de myocardite, les sujets ont été inscrits sous les numéros de protocole 2000028924 et 1605017838 approuvés par le Yale Human Research Protection Program Institutional Review Board. Le consentement éclairé a été obtenu de tous les participants inscrits. Toutes les recherches sur des sujets humains décrites ici ont été effectuées conformément à la Déclaration d'Helsinki.

Le sexe a été pris en compte dans la conception de l'étude, dans le but de recruter à peu près une proportion égale de participants masculins et féminins, dans la mesure du possible. Le sexe a été déterminé sur la base des déclarations des participants.

Les patients de la cohorte COVID-19 aiguë ont été stratifiés selon la gravité de la maladie, en fonction des niveaux d'oxygène et des besoins en soins intensifs, comme décrit précédemment11. L'état de la maladie modérée (score clinique 1, 2 ou 3) a été défini comme : (1) infection par le SRAS-CoV-2 nécessitant une hospitalisation sans oxygène supplémentaire, (2) infection nécessitant de l'oxygène supplémentaire non invasif (<3 L/min, quantité suffisante pour maintenir > 92 % SpO2), ou (3) infection nécessitant de l'oxygène supplémentaire non invasif (> 3 L/min, suffisant pour maintenir > 92 % SpO2, ou, nécessaire > 2 L d'oxygène supplémentaire pour maintenir SpO2 > 92 % et avait une protéine C-réactive (CRP) de haute sensibilité > 70 et a reçu du tocilizumab). L'état de la maladie grave (score clinique 4 ou 5) a été défini comme répondant aux critères du score 3 tout en nécessitant également l'admission à l'unité de soins intensifs (USI) du YNHH et > 6 L d'oxygène supplémentaire pour maintenir la SpO2 > 92 % (4), ou une infection nécessitant ventilation mécanique invasive et/ou oxygénation par membrane extracorporelle (ECMO) en plus de l'administration de glucocorticoïdes/vasopresseurs (5). Le score clinique 6 a été attribué aux patients décédés ; cependant, dans cette étude, il est inclus dans le groupe des maladies graves.

La bibliothèque de levure initiale (Exo201) a été générée comme décrit précédemment7,10. Dans Exo201, seul le plus grand domaine extracellulaire des protéines membranaires multi-passes a été inclus dans la bibliothèque. Dans cette étude, nous avons encore élargi la bibliothèque en complétant avec tous les domaines extracellulaires de protéines membranaires multi-passes supérieures à 15 acides aminés. De plus, nous avons identifié et ajouté des antigènes plus gros qui ont échoué dans Exo201, par exemple, en raison d'un échec de la PCR. Un inventaire des antigènes nouvellement ajoutés est compilé dans l'ensemble de données supplémentaire 1. L'ADN des nouveaux antigènes a été synthétisé sous forme de fragment de gène (pour les antigènes de plus de 300 nucléotides) ou de pool d'oligo par TWIST Bioscience, contenant une séquence 5 '(CTGTTATTGCTAGCGGTTTTAGCA) et 3 ' (GCGGCCGCTTCTGGTGGC) pour l'amplification par PCR. Le pool d'oligo a été amplifié par PCR et transformé en levure avec des fragments de code-barres, suivi d'une identification d'appariement code-barres-antigène comme décrit précédemment7,10. Cette nouvelle bibliothèque de levure a ensuite été regroupée avec la bibliothèque initiale (Exo201) dans un rapport de 1:1 pour générer la nouvelle version de la bibliothèque (Exo204).

La purification des anticorps a été effectuée comme décrit précédemment7,10. En bref, du triton x-100 et de la RNase ont été ajoutés au plasma du patient à une concentration finale de 0,5 % et 0,5 mg/ml, respectivement, et incubés pendant 30 min pour inactiver les virus à ARN enveloppés. 20 µL de résine magnétique de protéine G (solutions lytiques) ont été lavés et remis en suspension dans du PBS et ajoutés à 50 µL de plasma inactivé. Le mélange sérum-résine a été incubé pendant trois heures à 4°C sous agitation. La résine a été lavée avec du PBS et remise en suspension dans 90 µL de glycine 100 mM pH 2,7 pendant 5 min. Le surnageant a été extrait et ajouté à 10 µL de Tris 1 M stérile pH 8,0. L'adsorption de levure a été effectuée comme décrit précédemment7,10. En bref, une levure vecteur vide (pDD003) a été induite par culture dans 1:10 SDO-Ura:SGO-Ura pendant 18 h. 108 levures induites ont été lavées avec du PBE (PBS avec 0,5 % de BSA et 0,5 mM d'EDTA), remises en suspension avec 100 µL d'IgG purifiée et incubées pendant trois heures à 4 °C sous agitation. L'IgG appauvrie en levure a été éluée du mélange levure-IgG à travers des plaques filtrantes de 0,45 um par centrifugation à 3000 g pendant 3 min.

Les sélections de bibliothèques de levures ont été effectuées comme décrit précédemment7,10. En bref, la bibliothèque de levures Exo201 (cohorte COVID-19 aiguë) ou Exo204 (BRI, Yale HCW, CoronaVac, contrôle longitudinal et cohortes de myocardite) a été induite à une DO de 1 cultivée dans 1:10 SDO-Ura:SGO-Ura à 30 C. Avant la sélection, 58 levures induites ont été mises de côté pour permettre la comparaison de la présélection aux bibliothèques de post-sélection. 108 levures induites ont été lavées avec du PBE et ajoutées aux puits d'une plaque de 96 puits stérile. Dix microgrammes d'IgG adsorbés sur levure ont été ajoutés à la bibliothèque de levures en double dans 100 uL de PBE et incubés pendant 1 h à 4 C. Les levures ont été lavées avec du PBE et incubées avec un anticorps Fc anti-humain IgG biotine 1: 100 (clone HP6017, BioLegend #409308, ou clone QA19A42, Biolegend #366918) pendant 30 min. La levure a été lavée avec du PBE et incubée avec une dilution de 1:20 de Streptavidin MicroBeads (#130-048-101, Miltenyi Biotec) pendant 30 min. La levure a été remise en suspension dans du PBE et la levure liée aux IgG a été isolée par sélection magnétique positive à l'aide du séparateur MultiMACS M96 (Miltenyi Biotec) conformément aux instructions du fabricant et comme décrit précédemment7,10. La levure sélectionnée a été remise en suspension dans 1 mL de SDO-Ura et incubée à 30 °C pendant 24 h.

La préparation de la bibliothèque NGS a été effectuée comme décrit précédemment7,10. En bref, l'ADN a été extrait de bibliothèques de levures à l'aide de kits Zymoprep-96 Yeast Plasmid Miniprep ou de kits Zymoprep Yeast Plasmid Miniprep II (Zymo Research) conformément aux protocoles standard du fabricant. Un premier cycle de PCR a été utilisé pour amplifier une séquence d'ADN contenant le code-barres d'affichage de la protéine sur le plasmide de levure, comme décrit précédemment7,10. Un deuxième cycle de PCR a été effectué sur 1 µL de produit de PCR de l'étape 1 en utilisant les amorces de bibliothèque à double index Nextera i5 et i7 (Illumina), comme décrit précédemment7,10. Les produits de PCR ont été regroupés et passés sur un gel d'agarose à 1 %, et l'ADN correspondant à la bande à 257 paires de bases a été coupé. L'ADN (bibliothèque NGS) a été extrait à l'aide d'un kit d'extraction de gel QIAquick (Qiagen) conformément aux protocoles standard du fabricant. La bibliothèque NGS a été séquencée à l'aide d'un Illumina NextSeq550 et d'un kit de séquençage à haut rendement NextSeq avec un séquençage à extrémité unique de 75 paires de bases conformément aux protocoles standard du fabricant. Un minimum de 200 000 lectures en moyenne par échantillon a été collecté et la bibliothèque de présélection a été échantillonnée au moins dix fois plus en profondeur que les autres échantillons. Les échantillons avec moins de 50 000 lectures ont été rejetés comme échec du séquençage.

Les scores REAP ont été calculés comme décrit précédemment7,10. En bref, les décomptes de codes à barres ont été extraits des données NGS brutes à l'aide de codes personnalisés et les décomptes des répétitions techniques ont été additionnés. Ensuite, l'enrichissement agrégé et clonal a été calculé à l'aide de edgeR26 et de codes personnalisés. L'enrichissement global est le changement de pli log2 de tous les codes-barres associés à une protéine particulière additionnés dans la post-bibliothèque par rapport à la pré-bibliothèque, avec des zéros à la place des changements de pli négatifs. Les valeurs de changement de pli log2 pour l'enrichissement clonal ont été calculées de manière identique, mais le nombre de codes à barres sur tous les codes à barres uniques associés à une protéine donnée n'a pas été additionné. L'enrichissement clonal pour une réactivité donnée a été défini comme la fraction de clones sur le nombre total de clones qui ont été enrichis (changement de facteur log2 ≥ 2). Enrichissement agrégé (Ea) et clonal (Ec) pour une protéine donnée, un facteur d'échelle (βu) basé sur le nombre de clones de levure uniques (levures qui ont un code-barres ADN unique) affichant une protéine donnée, et un facteur d'échelle (βf) basés sur la fréquence globale de levure dans la bibliothèque affichant une protéine donnée ont été utilisés comme entrées pour calculer le score REAP, qui est défini comme suit.

βu et βf sont des facteurs d'échelle logarithmiques qui pénalisent progressivement le score REAP des protéines avec un faible nombre de codes-barres uniques ou de basses fréquences dans la bibliothèque, et sont décrits en détail dans des publications précédentes7,10.

Les antigènes avec un score REAP moyen supérieur à 0,5 dans tous les échantillons ont été définis comme des liants non spécifiques et exclus d'une analyse plus approfondie. Les réactivités des auto-anticorps ont été définies comme des antigènes avec un score REAP> 2 et> 1, 96 seuil de score Z par ligne (antigène) (sauf indication contraire).

Les cellules épithéliales rénales TMPRSS2-VeroE6 ont été cultivées dans le milieu Eagle modifié de Dulbecco (DMEM) additionné de 1 % de pyruvate de sodium (NEAA) et de 10 % de sérum bovin fœtal (FBS) à 37 °C et 5 % de CO2. La lignée cellulaire a été testée négative pour la contamination par des mycoplasmes. La lignée SARS-CoV-2 A (USA-WA1/2020) a été obtenue auprès de BEI Resources (#NR-52281) et a été amplifiée dans TMPRSS2-VeroE6. Les cellules ont été infectées à un MOI de 0,01 pendant 3 jours pour générer un stock de travail et après incubation, le surnageant a été clarifié par centrifugation (450 g × 5 min) et filtré à travers un filtre de 0,45 µm. Le virus en culot a ensuite été remis en suspension dans du PBS et aliquoté pour être stocké à -80 ° C. Les titres viraux ont été mesurés par dosage de plaque standard en utilisant TMPRSS2-VeroE6. En bref, 300 ul de dilutions de virus en série ont été utilisés pour infecter des cellules Vero E6 dans du NaHC03 additionné de MEM, 4 % de FBS et 0,6 % d'Avicel RC-581. Les plaques ont été résolues 48 h après l'infection en les fixant dans du formaldéhyde à 10 % pendant 1 h, puis avec du cristal violet à 0,5 % dans une coloration à l'éthanol à 20 %. Les plaques ont été rincées à l'eau pour permettre le dénombrement des plaques. Toutes les expériences ont été réalisées dans un laboratoire de niveau de sécurité biologique 3 avec l'approbation du bureau de la santé et de la sécurité environnementale de Yale.

Le test de neutralisation a été effectué comme décrit précédemment9. En bref, les sérums des individus vaccinés ont été traités thermiquement pendant 30 min à 56 °C. Du plasma dilué en série six fois, de 1:10 à 1:2430, a été incubé avec la lignée A du SRAS-CoV-2 (USA-WA1/2020) pendant 1 h à 37 °C. Le mélange a ensuite été incubé avec TMPRSS2-VeroE6 dans une plaque 12 puits pendant 1 h, pour adsorption. Ensuite, les cellules ont été recouvertes d'un mélange NaHC03 additionné de MEM, 4 % de FBS et 0,6 % d'Avicel. Les plaques ont été résolues 40 h après l'infection par fixation dans du formaldéhyde à 10 % pendant 1 h, suivie d'une coloration dans du cristal violet à 0,5 %. Toutes les expériences ont été réalisées en parallèle avec des sérums de contrôle de base, à une concentration virale établie pour générer 60 à 120 plaques/puits.

Les tests ELISA ont été effectués comme décrit précédemment9. En bref, du Triton X-100 et de la RNase A ont été ajoutés à des échantillons de sérum à des concentrations finales de 0,5 % et 0,5 mg/ml respectivement, et incubés à température ambiante (RT) pendant 30 min avant utilisation, afin de réduire le risque de tout virus potentiel dans le sérum. . Des plaques MaxiSorp à 96 puits (Thermo Scientific #442404) ont été recouvertes de 50 μl/puits de protéine recombinante SARS Cov-2 S Total (ACROBiosystems #SPN-C52H9-100 μg) ou RBD (ACROBiosystems #SPD-C52H3-100 μg) à une concentration de 2 μg/ml dans du PBS et ont été incubés pendant une nuit à 4 °C. Le tampon de revêtement a été retiré et les plaques ont été incubées pendant 1 h à température ambiante avec 200 ul de solution de blocage (PBS avec 0, 1% de Tween-20, 3% de lait en poudre). Le plasma a été dilué en série à 1:100, 1:200, 1:400 et 1:800 dans une solution de dilution (PBS avec 0,1 % de Tween-20, 1 % de lait en poudre) et 100 μl de sérum dilué ont été ajoutés pendant deux heures à RT. Human Anti-Spike (SARS-CoV-2 Human Anti-Spike (AM006415) (Active Motif #91351) a été dilué en série pour générer une courbe standard. Les plaques ont été lavées trois fois avec du PBS-T (PBS avec 0,1 % de Tween-20) et 50 μl d'anticorps HRP anti-Human IgG (GenScript #A00166, 1:5000) dilué dans une solution de dilution ajoutée à chaque puits. Après 1 h d'incubation à température ambiante, les plaques ont été lavées six fois avec du PBS-T. Les plaques ont été développées avec 100 μl de TMB Substrate Reagent Set (BD Biosciences #555214) et la réaction a été arrêtée après 5 min par l'ajout d'acide sulfurique 2 N. Les plaques ont ensuite été lues à une longueur d'onde de 450 et 570 nm.

Les tests ELISA ont été effectués comme décrit précédemment7. En bref, des plaques MaxiSorp à 96 puits (Thermo Scientific # 442404) ont été recouvertes de 200 ng de protéine IL-1RA recombinante (Biolegend # 553906) dans du PBS et incubées pendant une nuit à 4 C. Les plaques ont été déversées et incubées avec 2% d'albumine de sérum humain (HSA) (Celprogen #HSA2001-25-2) dans du PBS pendant 2 h à température ambiante. Les plaques ont été lavées 3 fois avec 200 µl de tampon de lavage (PBS 0,05 % Tween). Les échantillons ont été dilués dans 2 % de HSA et ajoutés à la plaque pour incuber pendant 2 h à température ambiante. L'IL-1RA anti-humain de souris (Prospec #ant-238) a été utilisé comme témoin positif. Les plaques ont été lavées 6 fois avec du tampon de lavage. L'IgG Fc anti-humain de chèvre (Sigma Aldrich, #AP113P) dilué au 1/10 000 dans HSA à 2 % a été ajouté aux plaques et incubé pendant 1 h à température ambiante. Pour le contrôle positif, une IgG Fc anti-souris de chèvre 1:5000 (Thermo Fisher Scientific, #A16088) dans 2% de HSA a été utilisée. Les plaques ont été lavées 6x. Les plaques ont été développées avec 100 μl de TMB Substrate Reagent Set (BD Biosciences #555214) et la réaction a été arrêtée après 5 min par addition d'acide sulfurique 2N. Les plaques ont ensuite été lues à une longueur d'onde de 450 nm.

Les détails statistiques des expériences peuvent être trouvés dans les légendes des figures. Tous les écrans REAP, ELISA et les tests de neutralisation ont été effectués avec deux répétitions techniques. L'analyse des données a été effectuée à l'aide de R, Python, Excel et GraphPad Prism. Aucune méthode statistique n'a été utilisée pour prédéterminer la taille de l'échantillon. Les patients ont été exclus de la cohorte COVID-19 aiguë s'ils n'avaient pas de maladie modérée ou sévère ou s'ils n'avaient qu'un point temporel car cela interdirait l'analyse longitudinale requise par notre étude. Les patients étaient exclus de la cohorte de vaccination si une étiquette d'échantillon peu claire ou une contamination transversale évidente était détectée. De plus, un patient a été exclu en raison de l'échec du processus REAP et du manque de données sur les auto-anticorps. Deux patients ont été exclus de la cohorte Myocardite : 1 patient a reçu des IgIV avant sa prise de sang, ce qui complique les résultats du REAP, les rendant ininterprétables ; 1 patient a présenté une myocardite 21 jours après la vaccination, ce qui est une évolution atypique et la cause de la myocardite (virale vs vaccinale) n'a donc pas pu être déterminée. Les expériences n'étaient pas randomisées.

Pour la cohorte aiguë COVID-19 et la cohorte Benaroya, des études REAP et ELISA/neutralisation ont été réalisées par l'investigateur avant de recevoir les annotations cliniques associées. Pour la cohorte Yale HCW, la cohorte CoronaVac et la cohorte myocardite, l'investigateur a reçu des annotations cliniques au moment des études REAP/ELISA/neutralisation. Cependant, les échantillons ont été analysés de la même manière dans une configuration de plaque randomisée.

De plus amples informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé des rapports sur le portefeuille Nature lié à cet article.

Toutes les données rapportées dans cet article seront partagées par l'auteur correspondant sur demande. Toute information supplémentaire requise pour réanalyser les données rapportées dans cet article est disponible sur demande auprès de l'auteur correspondant. Les données sources sont fournies dans ce document.

Le code utilisé pour générer les résultats et les chiffres présents dans le manuscrit sera partagé par l'auteur correspondant sur demande.

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Nous remercions Suzanne Fischer pour son aide logistique et Jonathan Klein pour une discussion utile. Rachel Hartley a fourni une assistance cruciale dans le suivi des échantillons et des données cliniques pour la cohorte BRI. Nous remercions Andrew Pickles, Heather White, Kassidy Benoscek et Kimberly Varner pour leur travail de recrutement, d'inscription et de conduite des visites d'étude de cohorte BRI. Carla Greenbaum, MD, a fourni des conseils et des conseils pour l'étude, et Uma Malhotra, MD, a supervisé le protocole BRI IRB. Nous remercions également les cliniciens et le personnel du Virginia Mason Franciscan Health Rheumatology Department pour leur aide dans le recrutement des participants à l'étude pour la cohorte BRI. La figure 1A a été créée avec BioRender.com. Ce travail a été soutenu par la Mathers Family Foundation (à AMR et AI), la Ludwig Family Foundation (à AMR et AI) et un supplément à la subvention de soutien du Yale Cancer Center 3P30CA016359-40S4 (à AMR). IMPACT a reçu le soutien du Yale COVID-19 Research Resource Fund. La Fondation de la famille Benaroya, la Fondation Leonard et Norma Klorfine, Glenn et Mary Lynn Mounger et Monolithic Power Systems ont fourni un soutien financier à BRI pour ce travail. L'AMR est en outre soutenue par un prix d'indépendance précoce du directeur des NIH (DP5OD023088) et la Fondation Robert T. McCluskey. JRJ est soutenu par le programme de formation des scientifiques médicaux de Yale T32GM007205. CL est un Pew Latin American Fellow. AI est chercheur au Howard Hughes Medical Institute.

Ces auteurs ont contribué à parts égales : Jillian R. Jaycox, Carolina Lucas, Inci Yildirim.

Département d'immunobiologie, Yale School of Medicine, New Haven, CT, États-Unis

Jillian R. Jaycox, Carolina Lucas, Yile Dai, Eric Y. Wang, Valter Monteiro, Carrie L. Lucas, Akiko Iwasaki et Aaron M. Ring

Département de pédiatrie, Section des maladies infectieuses et de la santé mondiale, École de médecine de l'Université de Yale, New Haven, CT, États-Unis

Perle Yildirim

Institut Yale pour la santé mondiale, Université Yale, New Haven, CT, États-Unis

Inci Yildirim & Saad Omer

Centre d'immunologie interventionnelle, Institut de recherche Benaroya à Virginia Mason, Seattle, WA, États-Unis

Sandra Lord et Cate Speake

Virginia Mason Medical Center, Seattle, WA, États-Unis

Jeffrey Carlin et Mariko Kita

Programme de recherche translationnelle, Benaroya Research Institute at Virginia Mason, Seattle, WA, États-Unis

Jane H. Buckner

Département de biostatistique, Yale School of Public Health, New Haven, CT, États-Unis

Shuangge Ma

Département de médecine, Section des maladies infectieuses, École de médecine de l'Université de Yale, New Haven, CT, États-Unis

Melissa Campbell, Albert Ko et Saad Omer

Département d'épidémiologie des maladies microbiennes, Yale School of Public Health, New Haven, CT, États-Unis

Albert Co & Saad Omer

Institut médical Howard Hughes, Chevy Chase, MD, États-Unis

Akiko Iwasaki

Département de pharmacologie, Yale School of Medicine, New Haven, CT, États-Unis

Bague Aaron M.

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

JRJ, CL, YD et VM ont réalisé des expériences. IY a fourni des échantillons de patients de Yale HCW et de myocardite et des annotations cliniques. JB, CS, MK, SL et JC ont fourni des échantillons de cohorte BRI et des annotations cliniques. JRJ, EYW et CL ont analysé les données. SM a assuré la supervision des statistiques et de l'analyse des données. AK, MC, SO, CS, AI et AMR ont assuré la supervision du projet. JRJ et AMR ont rédigé l'article.

Correspondance avec Cate Speake, Akiko Iwasaki ou Aaron M. Ring.

EYW, YD et AMR sont les inventeurs d'un brevet décrivant la technologie REAP et AMR est le fondateur de Seranova Bio. Les autres auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

Nature Communications remercie les autres examinateurs anonymes pour leur contribution à l'examen par les pairs de ce travail. Des rapports d'examen par les pairs sont disponibles.

Note de l'éditeur Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

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Réimpressions et autorisations

Jaycox, JR, Lucas, C., Yildirim, I. et al. Les vaccins à ARNm du SRAS-CoV-2 découplent l'immunité antivirale de l'auto-immunité humorale. Nat Commun 14, 1299 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36686-8

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Reçu : 01 août 2022

Accepté : 09 février 2023

Publié: 09 mars 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s41467-023-36686-8

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